話說數千年前蚩尤複活動亂，挑撥仙魔大戰，人類為求自保，或投身於兩方之一，或自成一伍，一場人、仙、魔三界混戰就此拉開帷幕，三界間戰火屠天，秩序不複存在。戰爭終以蚩尤陰謀被揭發為終，人仙魔三族英雄攜手將蚩尤打回戰神山武神壇下，封印千年。

  時至大唐貞觀年間。三界大戰已平息五百餘載，世間重又恢複了安寧與繁榮。當世分為四大部洲，眾生善惡不一。東勝神洲居生奇獸靈仙，汲日月精華，敬天地禮法，心爽氣平北俱蘆洲為蠻族所踞，多生凶禽猛獸，異常凶險西牛賀洲多隱庭道館，習陰陽之術，養氣潛靈人人固壽而南瞻部洲獨為人世紅塵之所，亦為人、魔、仙三族混居之地。

  天地間芸芸眾生分為人、仙、魔三大種族，各族天賦不同，自有所長。超脫而飄逸的仙族能夠掌握天地之靈氣，並能將他們轉化成為百變神通從陰暗中走出的魔族崇武好殺，他們也往往擁有超強的戰鬥力和抵抗力看似平凡的人類在戰火中習得陰

  陽五行之理，演化為玄妙的法術和武學。並嚐試挖掘自己強大的心靈力量，立身於三界之間。三族均各自創立四大門派，以廣納門徒，傳授技藝，壯大聲威。

  觀音大士觀眾生相，三界大戰之後，心魔肆虐，塵世中人性的蓮花已經枯萎。邪惡與欲望逐漸滋長，吞噬了心靈間的良善，將巨大的潛力引入無邊的黑暗，而佛主如來處有三藏真經，可以勸人為善，待要送上東土，隻怕眾生愚昧，毀謗真言，故決定廣募與佛有緣之人，遍大義於天下，尋找五個天命取經人。《夢幻西遊》的故事由此展開，玩家將在經曆一段際遇後得到金蓮花，成為有佛緣之人，接受尋找天命取經人，幫助他們拂開塵眼，見性歸真的使命。

  這五個天命取經人中，有佛祖座下被貶下凡塵的金蟬法師有調戲嫦娥犯了天條，被打入人間投了豬胎的天蓬元帥有失手打碎琉璃盞惹怒王母，被罰下人間受苦的卷簾大將有受冤背屈的神龍之子小白龍更有五百年前大鬧天宮，令各路神仙聞風喪膽的妖猴孫悟空轉世。這五人或有淒涼身世，或有無限心結，更或全忘前世因果，變得愚鈍不可教化。四海之大，該向何方尋找，該如何勸服他們甘願苦曆千山，遠經萬水，到佛祖處求取真經，勸化眾生，化解千年冤戾。一切都是未知，都等待著玩家的探尋。